A mediados del Carbonífero tuvo lugar la orogenia Varisca. La colisión entre dos placas de la corteza terrestre provocó que las rocas que se habían formado en el fondo de la cuenca marina se plegasen, se fracturasen y se elevasen, dando lugar al embrión de la actual cordillera Cantábrica. Obviamente, los arrecifes que estuvieron vivos durante el Devónico Medio y que acabaron integrados en la Formación Portilla, también se vieron afectados por la orogenia y sufrieron los mismos procesos que el resto de las rocas. Por eso, en Matallana, las capas en las que puede observarse uno de estos arrecifes devónicos aparecen en posición vertical, y no horizontal, como cuando el arrecife estuvo vivo.