El agua que se filtra a través de las rocas calizas del desfiladero también genera estructuras de origen kárstico. Al penetrar por las fisuras, disuelve sus paredes de forma progresiva, haciendo que dichas grietas aumenten de tamaño con el paso del tiempo. Surgen así las cuevas o cavidades kársticas, que salpican las paredes de la garganta por doquier. Cuando las condiciones son las adecuadas, las cavidades pueden alcanzar tamaños considerables, como la cueva de Las Palomas, situada en el corazón del desfiladero.