Durante gran parte de su recorrido, el río Almuzarra discurre sobre rocas del periodo Devónico. Estas rocas pertenecen a las formaciones Huergas (1), constituida por lutitas; Portilla (2), compuesta por calizas; y a un conjunto de formaciones del Devónico Superior (3), conformadas fundamentalmente por areniscas.
Modelo digital del terreno: Instituto Geográfico Nacional.
Cartografía geológica: Instituto Geológico y Minero de España.