A lo largo de la fase intermedia se fueron acumulando los esqueletos de los organismos muertos. Esto supuso que el arrecife ganase altura, por lo que fue acercándose de forma progresiva a la superficie del agua, donde los efectos del oleaje empezaron a hacerse notar. Los gráciles corales ramificados y laminares que abundaron en la fase inicial, ya no eran capaces de soportar el movimiento del agua sin romperse, y fueron sustituidos por otros corales que formaban colonias más resistentes, muchas de ellas con forma aplanada o de montículo.